Les écosystèmes, qui sont des ensembles formés par un groupe d'êtres vivants et leur milieu de vie, peuvent être classés de de différentes façons. Il existe deux sortes de classements des écosystèmes : selon le biotope (milieu de vie) ou selon la biocénose (les êtres vivants).
Le mode de classement le plus largement utilisé est celui qui est réalisé à partir du biotope, autrement dit le milieu. Par exemple, le milieu marins donne les écosystèmes océaniques. Un biotope (ou milieu) se décompose en autant d'écosytèmes qu'il y a de groupes d'êtres vivants y vivant en communauté.
L'exception à ce mode de classement est l'écosystème des humains qui fait référence à la biocénose et non au milieu, c’est-à-dire les hommes.
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| Milieux se trouvant sur les continents |  |
Ecosystèmes terrestres ou continentaux |  |
| Forêts tempérées , forêts humides, forêts tropicales | |
Ecosystèmes forestiers |  |
| Prairies, steppes et savanes | |
Agro-écosystèmes |  |
| Océans et mers | |
Ecosystèmes océaniques |  |
| Rivières et fleuves | |
Ecosystèmes lotiques |  |
| Lacs et étangs | |
Ecosystème lentiques |  |
